Это может происходить в том случае если скрипты работают от пользователя apache и записывают какие-то данные, соответственно и права доступа на эти файлы будет иметь apache. Удалить можно через файловый менеджер DirectAdmin, воспользовавшись следующими функциями: Reset Ownership - сброс прав доступа на файлы. Recursively - сброс прав доступа на папку и все ее содержимое.